In tutto, 106 dei 253 episodi prodotti durante i primi sei anni del programma non sono più presenti negli archivi della BBC. Per l’operazione di recupero la BBC ha utilizzato le prime registrazioni a colori effettuate da fan e spettatori da tutto il mondo. Di tutti gli episodi perduti sono state recuperate le versioni solo audio, grazie alle registrazioni eseguite all’epoca da vari telespettatori. Uno degli episodi persi più agognati è la quarta parte dell’ultimo serial con protagonista William Hartnell, Il decimo pianeta, che si conclude con la trasformazione del primo Dottore nel secondo: ne resta un unico frammento, formato da alcuni fotogrammi in 8 mm senza sonoro e di qualità scadente, raffigurante proprio i pochi secondi della scena della rigenerazione. La BBC insieme allo studio Cosgrove Hall ha ricostruito gli episodi mancanti 1 e 4 di The Invasion (1968) attraverso l’animazione, usando le tracce audio e le sceneggiature originali.